Đại học Rockefeller được thành lập vào tháng 6/1901 với tên gọi Viện Nghiên cứu Y khoa Rockefeller - thường được gọi đơn giản là Viện Rockefeller - bởi John D. Rockefeller, người đã thành lập Đại học Chicago vào năm 1889, theo lời khuyên của cố vấn Frederick T. Gates[1]. Đây là viện y sinh đầu tiên của Hoa Kỳ, giống như Viện Pasteur của Pháp (1888) và Viện Robert Koch của Đức (1891).[1] Quỹ Rockefeller, một tổ chức từ thiện, được thành lập vào năm 1913, là một tổ chức riêng biệt, nhưng có mối liên hệ chặt chẽ với trường đại học này. [7]

Năm 1953, Detlev Bronk đã mở rộng Viện Rockefeller thành một trường đại học và bắt đầu trao bằng tiến sĩ vào năm 1964.[8] Năm 1965, tên Viện Rockefeller được đổi tên thành Đại học Rockefeller.[8]